연구는 당신이.
반복은 UREKA가.
연구는 즐거운 일과 즐겁지 않은 일로 나뉩니다. 당신이 가진 데이터의 잠재력은 어떤 가설에서 시작되나요? 이 질문에만 답해주세요. 나머지는 모두 UREKA가 합니다.
지금 실행할 수 있는 분야는 장내 마이크로바이옴이고, 나머지 분야는 차례로 추가하고 있습니다. 데모는 가입 없이 바로 열립니다.
- 오믹스 데이터는 쌓여 있는데 전담 분석 인력이 없습니다
- 분석이 특정 대학원생이나 외부 분석자 한 사람에게 묶여 있습니다
- 반복 분석이 병목이라 다음 실험이 밀립니다
연구가 느린 이유는
질문이 아닙니다.
시퀀싱은 끝났고 데이터는 서버에 있습니다. 그 다음부터가 시간을 먹습니다. 그리고 그 시간의 대부분은 생각이 아니라 손으로 하는 반복입니다.
샘플 이름이 배치마다 다르고, 메타데이터 항목 이름은 사람마다 다릅니다. 분석보다 표를 맞추는 데 시간이 갑니다.
도구 버전이 맞지 않아 어제 돌던 것이 오늘 안 돕니다. 환경 복원에 분석만큼 시간이 듭니다.
결과가 이상할 때 어느 단계에서 틀어졌는지 되짚으려면 처음부터 다시 돌려야 합니다.
보정을 했는지, 어디까지 했는지가 기억나지 않습니다. 심사자는 그것부터 묻습니다.
그림 하나를 고치려면 그 그림을 만든 코드와 데이터를 다시 찾아야 합니다.
몇 달 전 파라미터를 기억으로 되살려 Methods를 씁니다. 그 문장이 실제 실행과 같은지 확인할 방법이 없습니다.
판단은 연구자에게.
반복은 시스템에게.
질문과 해석은 연구자의 것입니다. 그 사이에 있는 모든 반복은 UREKA가 맡습니다.
연구자가 합니다
- 연구 질문의 설정과 가설의 선택
- 실험 설계와 코호트의 맥락
- 메타데이터를 어떻게 맞출지 확인
- 결과의 생물학적 해석
- 무엇을 보고하고 무엇을 보류할지
- 최종 결론과 원고 승인
UREKA가 합니다
- 데이터 정리와 메타데이터 정규화
- 품질 점검과 지표 산출
- 조건에 맞는 워크플로우 선택과 반복 실행
- 통계 검정과 다중비교 보정
- 통과한 결과에서 검증할 가설 제안
- Figure·Table 생성
- Methods 문장과 실행 기록
- 원고 초안 구성
UREKA는 연구자의 결론을 대신 만들지 않습니다. 결론에 도달하는 과정을 더 빠르고 확인 가능하게 만듭니다. 결론과 마찬가지로, 가설도 제안까지만 UREKA가 합니다.
데이터가 지나가는 길.
- 01원시 데이터FASTQ와 형식이 제각각인 메타데이터
- 02점검과 정리품질 점검, 결측·단위 정규화, 필수 항목 확인
- 03분석과 통계워크플로우 선택, 실행, 다중비교 보정
- 04Figure·Table실행 결과에서 생성, 코드와 함께 보관
- 05판정이 끝난 결과통과·보류 등급이 붙은 결과 묶음
- 06원고 초안본문 수치는 결과 파일에서 그대로
- 07재실행 기록반년 뒤에도 그대로 다시 돌릴 수 있는 기록
논문 한 편에 필요한 것이
한 번에 나옵니다.
원고 한 편을 쓰려면 따로 만들고 따로 모아야 했던 것들입니다. UREKA에서는 한 번의 실행에서 같이 나오고, 서로 어긋나지 않습니다.
결과 파일에서 바로 그립니다. 그림을 그린 코드와 입력이 함께 남아, 수정 요청이 와도 그 자리에서 다시 그립니다.
같은 실행에서 함께 나옵니다. 기준을 넘지 못한 결과도 보충 표에 그대로 남습니다.
실제로 실행한 절차를 그대로 Methods 문장으로 쓰고, 본문 숫자는 결과 파일에서 가져옵니다.
쓴 도구와 버전, 파라미터, 참조 DB, 단계별 실행 로그. 반년 뒤에도 같은 결과를 다시 만들 수 있습니다.
Of 200 resistance determinants screened, one passed the significance gate: the macrolide resistance gene ermB was less abundant in the IBD group (coef = −1.96, q = 0.018, n = 148).
리비전이 왔을 때,
다시 만들지 않습니다.
심사자가 묻는 것은 대체로 정해져 있습니다. 이 수치가 어디서 나왔는지, 보정은 했는지, 왜 이 방법을 썼는지. UREKA는 그 답을 결과와 함께 미리 만들어 둡니다.
심사 의견이 오면 문제가 된 단계만 바꿔 다시 실행하고, 이전 결과와 무엇이 달라졌는지 나란히 놓고 비교합니다. 전체를 처음부터 돌릴 필요가 없습니다.
본문의 어느 숫자를 물어도 그것을 만든 단계까지 되짚어 갑니다. 어떤 도구가 어떤 버전으로, 어떤 참조 DB에서 실행됐는지가 함께 남습니다.
질문을 여러 개 던져도 본문에는 늘 보정을 마친 값이 들어갑니다. 나중에 질문을 더해도 앞서 낸 결론이 뒤집히지 않습니다.
기준에 못 미친 결과도 숨기지 않고 등급을 붙여 남깁니다. 어느 질문에서도 통과한 것이 없으면 발표할 결과가 없다고 보고합니다.
통계가 말하는 것과 그것을 어떻게 읽었는지를 구분해 표시하고, 한계와 불확실성을 초안 안에 남깁니다.
사람이 확인하고 넘어가기 전에는 어떤 산출물도 완성으로 넘어가지 않습니다. 원고의 내용과 책임은 저자에게 있습니다.
그게 되는 이유는 하나입니다. 같은 질문에 같은 절차가 나옵니다.
연구자가 보낸 질문“IBD 환자군과 대조군에서 장내 항생제 내성 유전자의 양이 다른지 보고 싶습니다. 148샘플, 샷건 메타지놈입니다.”
범용 AI 도구
둘 다 그럴듯한 절차인데 결과가 다르게 나옵니다. 모델이 그때그때 고르기 때문입니다. 어느 쪽이 이 데이터에 맞는 절차인지는 아무도 답해주지 않습니다.
UREKA
절차를 모델이 고르지 않습니다. 논문에서 뽑아내 전문가가 검수한 지식그래프가 데이터 종류와 질문에 맞는 절차를 고릅니다. 파이프라인 하나를 박아둔 것과는 다릅니다. 조건이 바뀌면 다른 절차를 고르는데, 그 선택이 매번 같습니다.
지금은 장내 마이크로바이옴 데이터로 파일럿을 받고 있습니다.
외주는 끝나지만,
UREKA는 남습니다.
외주에서 돌아오는 것은 결과 파일입니다. 그 결과를 만든 판단은 돌아오지 않습니다. 그래서 새 샘플이 들어오거나 심사자가 다른 각도를 물으면 처음부터 다시 시작합니다.
UREKA에서는 데이터와 방법, 파라미터, 그때의 판단을 함께 기록합니다. 같은 코호트에 샘플을 더 붙일 때, 다른 질문을 던질 때, 심사 의견이 왔을 때 모두 그 기록에서 다시 출발합니다.
- 새 샘플 추가 — 같은 워크플로우를 그대로 다시 실행
- 새 질문 — 검증된 메타데이터와 품질 점검 위에서 질문만 교체
- 심사 대응 — 지적받은 단계만 바꿔 다시 실행하고 비교
- 후속 연구 — 지난 결정과 근거가 남아 설계가 짧아짐
그래서 값도 분석 한 번의 값이 아니라, 연구실이 계속 쓰는 값입니다.
국내 분석 업체에서 샷건 메타지놈 100샘플 최소 분석 비용으로 받은 실제 견적입니다. 시퀀싱을 제외한 순수 분석 비용이고, 계약한 항목 안에서만 결과가 나옵니다.
분석 코드는 나오지만, 이 조건에 어떤 분석이 맞는지 판단해 줄 사람은 따로 필요합니다.
같은 데이터로 질문을 몇 번 더 던져도 재견적이 없습니다. 분석 횟수에 건당 과금이 없고, 요청은 들어온 순서대로 처리합니다.
데이터셋 하나,
질문 하나로 시작하세요.
연구실 데이터를 통째로 옮기실 필요는 없습니다. 코호트 하나를 원시 데이터부터 결과까지 함께 통과시키고, 나온 결과와 그 근거를 같이 검토합니다. 보내주신 데이터와 나온 결과를 저희가 외부에 공개하지 않습니다.
- 1 신청서 검토 후 연락 — 영업일 2일 이내
- 2 데이터와 질문 정리 — 30분 통화 한 번
- 3 실행과 중간 확인 — 메타데이터를 어떻게 맞출지 함께 승인
- 4 결과 전달 — 결과·초안·재실행 기록을 놓고 검토
일정은 데이터 종류와 질문에 따라 크게 달라집니다. 통화에서 범위를 먼저 알려드립니다.
이 단계에서 원시 데이터를 받지 않습니다. 보내주신 내용은 파일럿 적합성을 검토하고 연락드리는 데에만 씁니다.
다음 발견에
시간을 쓰세요.
반복은 시스템이 맡습니다. 한 개의 데이터셋과 한 개의 질문으로 시작하시면 됩니다. 여기 없는 질문은 신청서에 적어 주시면 답장으로 알려드립니다.
자주 받는 질문
범용 AI 도구와 무엇이 다릅니까?
범용 도구는 어떤 분석을 할지도 모델이 정합니다. 같은 질문을 두 번 물으면 다른 분석이 나올 수 있습니다. UREKA는 분석 방법의 선택을 모델에게 주지 않습니다. 어떤 조건에 어떤 워크플로우가 유효한지는 선행연구에서 뽑아내 전문가가 검수한 지식그래프가 정하고, 같은 입력에는 같은 워크플로우를 고릅니다. 모델은 메타데이터 정규화, 결과의 서술, 초안의 문장 형태에만 씁니다.
연구 결론을 대신 내려줍니까?
아니요. 통계가 말하는 것과 그것을 어떻게 읽을지는 다른 일이고, 뒤엣것은 연구자의 몫입니다. UREKA는 기준을 통과한 결과와 통과하지 못한 결과를 등급과 함께 모두 제시하고, 그 위에 초안을 구성합니다. 무엇을 주장할지, 어디까지 말할지는 연구자가 정하고 승인합니다.
어떤 데이터를 지원합니까?
현재는 장내 샷건 메타지놈이 주 대상이고 16S 앰플리콘은 일부 워크플로우만 지원합니다. 다음으로 붙일 분야는 bulk RNA-seq 발현 차이 분석입니다. 다른 오믹스 데이터도 신청은 받고 있습니다. 지금 워크플로우가 없다면 그렇다고 먼저 말씀드립니다.
정말로 다시 실행할 수 있습니까?
다시 돌릴 수 있는 단위는 원고가 아니라 실행 기록입니다. 여기에는 난수 seed 고정, 도구 버전, 파라미터, 참조 DB 버전과 체크섬, 실행한 워크플로우 정의, 단계별 실행 로그, 입력·출력 파일 체크섬이 들어갑니다. 이 기록은 연구실이 보관합니다. 현재까지는 시연용 데이터에서 재실행을 확인한 단계이고, 실제 연구 데이터에서는 파일럿으로 확인합니다.
데이터는 어떻게 보호됩니까?
원시 데이터는 국내에 있는 서버에서만 처리합니다. 분석이 끝나고 3개월간 보관한 뒤 삭제하고, 삭제 예정일을 미리 알려 드려 그 전에 내려받을 수 있게 합니다. 더 오래 두어야 하면 보관 연장을 따로 요청할 수 있고, 연구실의 IRB 조건이 더 짧은 기간을 요구하면 그 기간을 따릅니다. 사용자 데이터는 모델 학습에 쓰지 않습니다. 실행 기록은 연구실이 보관합니다. 신청 단계에서는 원시 데이터를 받지 않습니다.
UREKA를 저자로 넣거나 인용해야 합니까?
아니요. UREKA는 저자 등재나 Methods 인용을 요구하지 않습니다. 도구 기재 여부는 저자가 소속 저널의 정책에 따라 정합니다. 원고의 내용과 책임은 전적으로 저자에게 있습니다.
파일럿 비용과 절차는 어떻게 됩니까?
파일럿은 코호트 하나를 원시 데이터부터 결과까지 함께 통과시키는 과정입니다. 범위와 비용은 데이터 유형, 코호트 규모, 검증할 질문 수에 따라 달라져서 신청서를 보고 개별로 산정해 안내드립니다. 견적서와 세금계산서를 발행하며 연구비의 분석 용역비 항목으로 집행할 수 있습니다.